稅務代理的一般程序按其性質大體可分為三個階段：即準備階段、實施階段、代理完成階段。
準備階段是納稅人、扣繳義務人向稅務代理機構提出稅務代理時，稅務代理機構要對要求代理方的有關情況進行調查，在此基礎上確定是否接受該項代理業務。雙方在充分協商取得一致意見后，簽定委托代理協議書，約定代理內容、代理權限和代理期限。稅務代理機構在受理某項代理業務后，應確定稅務代理風險，編制稅務代理計劃、安排實施代理工作。
實施階段是稅務代理全過程的中心環節，其工作是按照代理計劃，根據委托代理協議書約定的代理事項、權限、期限開展工作。
代理完成階段是實質性的代理業務結束，此階段的工作主要是整理代理業務工作底稿，編制有關表格，并將有關資料存檔備查。